La denominación de este fenómeno se puede ver escrita de muchas maneras en la prensa: «Este año estará marcado por la presencia del Fenómeno del Niño», «El ‘Fenómeno del Niño’ está aquí» o «Panamá comenzará a sentir los efectos del fenómeno de “El Niño” en el próximo trimestre».

El nombre español de El Niño está fijado convencionalmente para su uso internacional, y a diferencia de otros fenómenos atmosféricos como los huracanes incluye el artículo, por lo que este se escribe con mayúscula y no se contrae con las preposiciones a y de; por otra parte, la palabra fenómeno se escribe en minúscula, pues no es parte de su denominación, sino que tiene función meramente descriptiva.

Así, en los ejemplos anteriores habría sido preferible haber escrito «Este año estará marcado por la presencia del fenómeno de El Niño», «El fenómeno de El Niño está aquí» y «Panamá comenzará a sentir los efectos del fenómeno de El Niño en el próximo trimestre».

El mismo criterio se aplica a la corriente de El Niño, que tampoco necesita comillas ni cursiva y que se escribe con mayúsculas iniciales en El Niño, como en «Este fenómeno inusual es provocado por la corriente de El Niño y la depresión aislada de niveles altos».